如果化粪池处于长期不清理状态，会造成粪渣板结，化粪池实则形同虚设，粪便得不到有效的无害化处理，将直排市政渠。此外，在化粪池密封程度较高的情况下，如果沼气满溢，甚至可能造成沼气爆炸。
有些化粪池十几年未清理过
目前只有二三成的社会化粪池如大的宾馆酒店、管理规范的小区及办公楼能定期清理化粪池，另外有很多的社会化粪池均处于长期不清理的状态。绝大部分的社会化粪池都只在粪池满溢后堵塞的情况下才联系清理，甚至有些楼宇十几年未清理过一次。
大部分化粪池未得到应有的定期清理，主要有以下几方面原因：管理者和市民的意识问题，认为粪便进入化粪池就会被“化”掉，不理解化粪池里还有40％左右的消化污泥需定期清除；对化粪池存在的危害隐患认识不足，除污染环境，对污水处理造成压力外，甚至会造成沼气爆炸，有可能伤及民众；
化粪池长期欠缺清理造成极大的危害。
清理时间间隔不得超过一年
为了安全化粪池应按规定制定粪池清疏计划，要求清理间隔时间不得超过一年，旧式化粪池因容积偏小，清理间隔时间相应缩短。
